Primeira armadilha / problema - não há suporte para arquivos VHD na maioria dos produtos de terceiros. Por exemplo, se você receber um vírus e precisar inicializar a partir de um CD de antivírus, o software antivírus não fará a varredura dentro do VHD. Você digitalizará, limpará o disco rígido e, quando reiniciar no Windows, ainda terá o vírus.
Próximo - as imagens de backup serão mais complicadas. Se você usar algo como o Acronis TrueImage para backups, certifique-se de fazer backup do conteúdo do VHD, não do próprio VHD. O registro de data e hora do VHD mudará toda vez que você usá-lo e, assim, para o software de backup, ele parecerá um arquivo enorme que deve ser copiado para o backup toda vez que o backup for executado. Na realidade, apenas alguns arquivos foram alterados dentro do VHD e você só precisa fazer backup deles.
Próximo - você disse "ao reinstalar você só precisa de uma cópia do VHD" - imagine que seu próximo sistema operacional não seja compatível com o estilo de partição de disco escolhido. Você tem que copiar o VHD para outra unidade (como uma unidade USB) e copiá-lo de volta. Por que se preocupar com isso quando você pode simplesmente particionar e mantê-lo separado e estável? Se você precisar copiá-lo da unidade de qualquer maneira, poderá usar qualquer software de criação de imagens de partições como TrueImage ou seus clones de código-fonte aberto para copiar a partição para um disco externo.