A Microsoft VPN é geralmente PPTP , a Cisco usa IPSEC . Estes são protocolos completamente diferentes, portanto, um cliente normalmente não suportará ambos.
A Microsoft também suporta L2TP e versões mais recentes suporta IPSEC, embora a implementação seja um pouco desajeitada (imho).
O PPTP teve vários problemas de segurança no passado, mas a versão mais recente é razoavelmente segura e é mais fácil de configurar do que o IPSEC.
O IPSEC é mais um padrão do setor e é muito seguro quando configurado corretamente.