Eu tive scripts cron que, por algum motivo ou outro, precisavam produzir o tempo e eu os vi algumas vezes atrasados um pouco (sempre rastreados até o segundo). Eu não sei se isso é devido ao Cron ou devido às variações de quanto tempo leva para carregar e executar o script. Eu imagino que é um pouco dos dois. De qualquer forma, contando com a consulta sql para executar exatamente no mesmo microssegundo, não vai funcionar.
Você pode fazer com que seu script python obtenha a hora atual e, em seguida, arredonde o intervalo de 5 minutos mais próximo. Por exemplo, se recuperar a hora atual como 00: 05: 03.123, basta soltar os segundos e consultar com base em 00:05:00 e voltar para 00:00:00.
Ou você pode registrar o registro de data e hora do último registro e, em seguida, a consulta da próxima vez a partir do horário atual de volta para esse registro de data e hora.
Editar: removeu a primeira sentença do segundo parágrafo - não fazia muito sentido lá.