Assumindo que você estava usando o disco inteiro como o lvm pv, em vez de uma partição individual dentro dele, geralmente deveria estar bem, já que o cabeçalho LVM não está no primeiro setor, onde está a tabela de partição, especialmente quando se usa 512 setores de bytes.
A tabela de partições está no primeiro setor: Veja por exemplo aqui : Discos rígidos podem ser divididos em um ou mais lógicos discos chamados partições. Esta divisão é registrada na tabela de partições, encontrada no setor 0 do disco.
O cabeçalho LVM é por padrão no segundo setor: Veja por exemplo aqui : Por padrão, o rótulo LVM é colocado no segundo setor de 512 bytes. Você pode sobrescrever esse padrão colocando o rótulo em qualquer um dos quatro primeiros setores. Isso permite que os volumes LVM coexistam com outros usuários desses setores, se necessário.
Cuidado: Não tenho certeza do que acontece se o tamanho do setor usado pelo fdisk for maior, digamos 1024 bytes - o LVM ainda pode estar no segundo setor de 512 bytes e o fdisk pode sobrescrever todo o setor de 1024 bytes?Como um aparte: Se você não tiver certeza e tiver acesso a espaço adicional (por exemplo, no Amazon EC2), poderá criar um volume de tamanho idêntico, fazer um pvcreate nele, adicioná-lo ao grupo de volume, usar um pvmove para mover os dados para o novo volume e, em seguida, um vgreduce para remover o volume afetado.