De acordo com o link , o estado "Permissões de verificação" é definido da seguinte forma:
• verificando permissões
O encadeamento está verificando se o servidor possui os privilégios necessários para executar a instrução.
Encontrei algo sobre as Permissões de Verificação Lenta em forums.mysql.com O tópico de respostas nesta entrada no fórum sugere a redução do número de entradas do usuário no mysql.user.
IMHO, os problemas de "Checking Permissions" são difíceis de entender, mesmo para especialistas.