O aplicativo empacotado tem seus próprios locais, normalmente em /usr/ ou /var/lib/ , com executáveis (ou links para eles) em /bin/ ou /usr/bin/
Para aplicativos auto-compilados ou auto-escritos, você pode usar /usr/local/bin/ para os executáveis e /usr/<appname>/ para o próprio aplicativo (ou seus arquivos de ativos).
Mais algumas informações (embora um pouco desatualizadas): link