Tudo deve estar localizado na pasta /etc/skel
.
Você precisa criar um link na área de trabalho para todos os usuários:
mkdir -p /etc/skel/Desktop
cd /etc/skel/Desktop/
vi shortcut.desktop
[Desktop Entry]
Version=1.0
Name=ShortCut
Comment=Visit ShortCut
GenericName=ShortCut
Exec=firefox http://intranet.ShortCut.com
Terminal=false
X-MultipleArgs=false
Type=Application
Icon=firefox
Categories=Internet
chmod +x shortcut.desktop
Isso criará um link na área de trabalho.
Veja alguns artigos que ajudarão você no que você precisa: