As chances são de que a chave privada ainda exista, mas você terá que usar o certutil para reparar a associação. Eu tive que fazer isso algumas vezes eu mesmo. As informações abaixo são de AQUI :
Para instalar um certificado de servidor Web que não tenha uma solicitação de certificado pendente
1. Clique em Iniciar, aponte para Executar, digite cmd
e clique em OK.
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Navegue até o diretório onde o Certutil.exe está armazenado; por padrão, isso é% windir% \ system32.
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Digite o seguinte comando no prompt de comando:
certutil -addstore my certnew.cer
onde certnew.cer é o nome do certificado que você recebeu da autoridade de certificação (CA). Você deve ver a seguinte mensagem:CertUtil: -addstore command completed successfully
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Navegue até o diretório em que você armazenou o certificado recebido da CA. Clique com o botão direito do mouse no certificado e aponte para Propriedades.
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Clique na guia Detalhes e selecione na lista suspensa Mostrar.
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Na lista Campo, selecione Impressão digital para exibir seu valor no painel de exibição.
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Selecione o valor Thumbprint no painel de visualização e clique em CTRL + C.
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Retorne à janela do prompt de comando e digite o seguinte comando:
certutil -repairstore my "thumbprint"
, em que thumbprint é o valor do campo Thumbprint. Certifique-se de digitar as aspas duplas como parte do comando. Se o comando for bem-sucedido, a seguinte mensagem será exibida:Encryption test passed CertUtil: = repairstore command completed successfully.