FTP talvez não seja uma necessidade. Você já pensou em usar o dolphin (ou qualquer outro gerenciador de arquivos no Ubuntu) e exportá-lo através do túnel ssh? Ele poupará você da administração de FTP, portas, credenciais de usuário, etc ...
Você precisa de um servidor X local para isso, fornecido por padrão no linux, mas no windows você deve instalar o xming que é gratuito.
ssh -Y remotemachine -l root (or any other sudoer)
my_prefered_filemanager
"dolphin" é como o explorador de arquivos para linux, é um gui para mover arquivos.
"ssh tunnel" significa que o programa que você inicia no servidor será exibido em sua máquina: isto é, irá aparecer uma interface gráfica na tela, não na tela do servidor.
"servidor X local" é o servidor que recebe as informações do programa que você iniciou. Xming é um exemplo de um servidor X para windows. Você instala no seu cliente windows e aguarda uma conexão que chega do seu servidor.
1) baixe e instale o Xming para windows. Também baixe e instale fontes para o Xming. Ambos são gratuitos, google por isso. Não se esqueça de executá-lo depois, ele aparecerá com os ícones próximos ao relógio do Windows. Nenhuma janela será visível ainda nesta etapa.
2) massa aberta, mas antes de iniciar sua conexão, ative o encaminhamento X, está nas opções ssh da massa, na árvore esquerda, perto da parte inferior. Salve a configuração e inicie a conexão como você fez normalmente. Essa configuração é totalmente transparente, se você não usar a interface grapical em uma sessão putty, não fará diferença se o túnel estiver habilitado ou não.
3) tente o seu túnel: a partir do seu shell iniciar qualquer programa que tenha uma interface gráfica, ele deve aparecer no seu desktop do Windows. por exemplo, inicie o nedit, do gedit. Se aparecer, você está pronto. Agora você precisa iniciar este programa como root. tente "sudo nedit" (então navegue até o arquivo que deseja editar no menu do arquivo nedit). Se não funcionar, você pode ter que "sudo -s" primeiro, então começar "nedit". O nedit e o gedit são típicos, muito leves, programas de edição. Talvez você tenha outro instalado no Ubuntu que você preferir, você pode usar qualquer programa que você quiser, não é importante.