Em termos de desempenho, a maioria das opções do Linux será semelhante. Considerações mais importantes são quais versões do mySQL você precisa (se algo recente é necessário, algumas distribuições como Debian / Stable podem estar muito atrasadas e se algo muito recente é necessário, então você precisará entregar compilação), suporte a longo prazo para atualizações de segurança e sua familiaridade com esse sabor do Linux.
Na minha opinião, minha recomendação seria o Ubuntu / LTS Server (10.04) ou o CentOS (a versão principal mais recente), pois eles têm suporte a patch de segurança oficial por mais tempo no futuro sem precisar atualizar completamente o sistema operacional. , com o Debian / Stable geralmente não sendo uma má escolha também. Eu usaria o Ubuntu ou o Debian, já que estou mais familiarizado com as configurações de estilo Debian do que com as da RedHat.
O que você quiser, evite instalar mais do que precisa, ou seja, não se preocupe com um ambiente de área de trabalho.
Uma vez que o SO base é instalado, assumindo que o build MySQL oferecido no repositório padrão é suficiente, executar algo como aptitude install mysql-server (Debian / Ubuntu) ou yum install mysql-server é tudo o que você precisa fazer para instalar (usando o padrão da distribuição pacotes como esse tornam mais fácil manter atualizados os releases de segurança, já que você pode fazer algo como aptitude update && aptitude safe-upgrade (Debian / Ubuntu) em vez de precisar reconstruir a versão mais recente a partir do código-fonte ou obter e instalar binários de outro lugar.
Uma vez instalado, você encontrará os arquivos de configuração em /etc . O conteúdo destes será quase exatamente o mesmo que o do Windows e diferenças significativas tendem a ser bem comentadas nos próprios arquivos (pelo menos no caso do Debian, embora eu assuma que isso é o mesmo em outro lugar, já que a maior parte dos detalhes provavelmente vem do exemplos de arquivos de configuração na documentação oficial do mySQL e / ou fonte) - portanto, se você estiver familiarizado com a configuração do mySQL no Windows, isso deve oferecer algumas (ou nenhuma) surpresas.
Editar: ter tempo para se familiarizar com a configuração (de acordo com sua resposta à preocupação de Bloodphlia) é muito bom - eu gostaria que houvesse menos servidores instalados por pessoas que fizeram Não tenho tempo para experimentar e aprender primeiro! Se você puder encontrar o tempo eu sugiro instalar um par de sistemas em máquinas virtuais no vbox ou similar. Você pode usar essas VMs "descartáveis" para jogar e ver qual variante do Linux você prefere e testar as coisas em um ambiente em que você pode experimentar em detalhes sem medo de perturbar uma máquina de produção.