Então eu encontrei uma solução. Eu removo todas as novas linhas no certificado e as envio como um único cabeçalho HTTP do proxy para o back-end, semelhante ao explicado aqui:
No meu back-end eu reconstruo o certificado adicionando uma nova linha a cada 64 caracteres. O código atualizado para o proxy reverso é o seguinte e funciona até 26 linhas:
map $ssl_client_raw_cert $a {
"~^(-.*-\n)(?<st>[^\n]+)\n((?<b>[^\n]+)\n)?((?<c>[^\n]+)\n)?((?<d>[^\n]+)\n)?((?<e>[^\n]+)\n)?((?<f>[^\n]+)\n)?((?<g>[^\n]+)\n)?((?<h>[^\n]+)\n)?((?<i>[^\n]+)\n)?((?<j>[^\n]+)\n)?((?<k>[^\n]+)\n)?((?<l>[^\n]+)\n)?((?<m>[^\n]+)\n)?((?<n>[^\n]+)\n)?((?<o>[^\n]+)\n)?((?<p>[^\n]+)\n)?((?<q>[^\n]+)\n)?((?<r>[^\n]+)\n)?((?<s>[^\n]+)\n)?((?<t>[^\n]+)\n)?((?<v>[^\n]+)\n)?((?<u>[^\n]+)\n)?((?<w>[^\n]+)\n)?((?<x>[^\n]+)\n)?((?<y>[^\n]+)\n)?((?<z>[^\n]+)\n)?(-.*-)$" $st;
}
server {
location / {
proxy_set_header X-cert $a$b$c$d$e$f$g$h$i$j$k$l$m$n$o$p$q$r$s$t$v$u$w$x$y$z;
proxy_pass http://localhost:8000;
}
}
(note que eu removi a variável começando com um número) Embora esta solução não seja a ideal, funciona para mim neste momento. Outra solução seria enviar apenas as informações do DN do certificado, que é uma única linha. Isso não funciona para mim no momento, já que não armazenei todos os DNs no meu banco de dados.