Quando você solicita uma unidade ebs, obtém um disco virtual de qualquer tamanho desejado. Em discos físicos você particionaria para criar unidades menores ou sistemas de arquivos diferentes, mas com o Amazon EC2 você pode ter quantas unidades menores desejar e criar diferentes sistemas de arquivos de sua escolha.
Não há necessidade de particioná-lo e isso não prejudicará o desempenho de forma alguma.