Verifique seu php.ini
e veja se a função que você está usando para executar os programas foi desabilitada pela configuração disable_functions
, por exemplo.
disable_functions=exec,shell_exec,system,proc_open ...
Se a função que você está usando estiver listada, remova-a.
EDIT: dos comentários, a solução foi definir
safe_mode=off
no php.ini.