O encargo separado e por hora é uma taxa de licença além da cobrança real pela VM.
O Amazon Linux não tem essa cobrança, a menos que sua AMI seja baseada em uma AMI do Marketplace que tenha uma taxa de licença por hora e também seja descendente do Amazon Linux.
Se você mesmo criou essas imagens a partir das AMIs oficiais e gratuitas do Amazon Linux, elas devem estar qualificadas para faturamento por segundo.