RewriteRule gera um REDIRECT INTERNO e processa para ser repetido a partir do primeiro RewriteRule (RewriteRule ^ xpaste $ cross.php [L]). Você precisa adicionar RewriteCond antes da última RewriteRule:
RewriteEngine on
RewriteRule ^xpaste$ cross.php [L]
RewriteRule ^x([a-f0-9]*)$ cross.php?id=$1 [L]
RewriteRule ^(gen|[a-f0-9]+)$ index.php?$1 [L]
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/(cross|index)\.php$
RewriteRule ^(.*)$ index.php [L]