LatencyTOP requer que você reconstrua o kernel e ative o parâmetro CONFIG_LATENCYTOP se você quiser usar uma versão padrão do kernel. Sim, o pacote é baixado e instalado, mas o sinalizador não está ativado por padrão, daí a mensagem de erro que você vê.
Sua outra opção é atender a mensagem de erro e instalar o pacote kernel-debug . Reinicie com o novo kernel configurado como o kernel de inicialização (escolha manualmente no menu grub ou edite grub.conf ).
A nota sobre debugfs é um arenque vermelho. Preste atenção em: "O kernel em execução não suporta latencytop. Por favor, use o kernel-debug."
A próxima questão é que o LatencyTop é um aplicativo X11. Espero que você tenha essas bibliotecas instaladas. Ativo o encaminhamento do X11 por meio do ssh ( ssh -X hostname ) e consigo visualizar a janela LatencyTOP remotamente.