Você pode tentar algo com bcdedit e definir% systemroot% para apontar para o novo local, mas imagino que haveria várias situações em que os aplicativos seriam quebrados com essa configuração. Se você está tentando aumentar a velocidade usando uma unidade SSD, há algum motivo para você não instalar o Windows no SSD e, em seguida, armazenar aplicativos e dados na outra unidade? É apenas para evitar uma reinstalação?