Isso depende do tipo de instância do EC2 que você está executando.
Se for uma AMI no S3, você precisará criar uma nova AMI com todas as alterações + fazer backup de qualquer coisa em suas lojas efêmeras. Você pode fazer a compilação AMI usando o kit de ferramentas ec2 com muita facilidade (não se esqueça de armazená-lo no S3 depois de construí-lo), e o armazenamento efêmero é provavelmente uma questão de usar tar + gzip e colar o .tar.gz resultante no S3 (que, mais uma vez, você pode fazer com ferramentas de linha de comando).
Se você estiver usando volumes do EBS, isso é muito mais fácil. Você pode simplesmente capturar seus volumes do EBS e eles estarão lá quando você voltar.