O acesso é principalmente via HTTP? Nesse caso, você tem a oportunidade de criar um ponto de estrangulamento instalando um servidor proxy da Web, como o acesso de saída do squid e do firewall, para permitir apenas o tráfego HTTP (e, opcionalmente, HTTPS) do servidor proxy. O proxy da Web poderia registrar o usuário e o tamanho de cada transação, o que poderia ser adicionado a uma conta em execução para esse usuário. Quando a cota é alcançada, o proxy pode matar o acesso daquele usuário, e o firewall não permitiria qualquer outro acesso de saída à Internet.
Eu tenho que dizer que, 12GB do volume total de tráfego não é muito - isso é um limite diário?
Revisará esta resposta com mais informações do OP.