Tudo o que você precisa fazer é criar outro site no IIS para esse subdomínio e apontar sua raiz para o diretório de aplicativos.
Portanto, crie o site, defina seus cabeçalhos de host como sendo do subdomínio, defina sua raiz como o local do aplicativo, configure .net da maneira que desejar, assegure-se de que o subdomínio seja criado no DNS e aponte para esse servidor e seu feito.