A maneira mais fácil que eu conheço é usar o zabbix rest api e o método host.delete. Quando sua ferramenta de automatização destruir o host, ele chamará o zabbix api para excluí-lo. Mas é realmente isso que você precisa? Você tem certeza absoluta de que não precisará de dados históricos desse host, por exemplo. para comparação com o comportamento real?
Sugiro que você use host.update e defina status como 1 - não monitorado e exclua o host manualmente, quando tiver dados exportados desse host.
Se você estiver usando o zabbix 2.4 ou 3.0, a documentação diz
Starting with Zabbix 2.4.0, hosts created by a network discovery rule are deleted automatically if a discovered entity is not in the rule's IP range anymore. Hosts are deleted immediately.