Existe mais um nível extremo de controle de processo do que (re) nice: chrt. Você pode definir o processo como SCHED_IDLE. Em combinação com ionice IDLE que deve fazer o trabalho.
Existe um alvo de mapeador de dispositivos que infelizmente não chegou ao kernel principal ainda, o que lhe dá ainda mais controle: ioband
Outra opção seria: Coloque este processo em uma VM. O acesso direto ao VFS é possível no KVM e você pode definir com precisão a quantidade de E / S que a VM obtém.