Aqui estão algumas dicas para o desempenho do mysql:
1- Crie índices nos campos usados para selecionar quries para melhorar a velocidade.
2- Mantenha um pequeno número de registros, se aplicável, na mesma tabela.
3- Use o mecanismo Myisam, pois ele geralmente é mais rápido que o Innodb se você não se importar com transações e chaves forenses.
4- Otimize suas consultas.
5- Execute o mysql em um servidor dedicado, se aplicável, e desative os serviços desnecessários para salvar os recursos do servidor.