Verifique seu caminho local para php com which php - desde que você instalou o php do zero, é mais provável que ele não esteja instalado onde o Apache o encontra. Melhor garantir que sua versão seja a única instalada.
Remova todas as outras versões: Você pode usar dpkg -S $file para descobrir a qual pacote um arquivo pertence. Muito provavelmente o seu Apache ainda usa a biblioteca de libapache2-mod-php5 .
Instale sua versão desejada como mod_php : Sua compilação do zero provavelmente não inclui mod_php. Verifique com o script ./configure incluído, se estiver ativado antes de instalar.