A pergunta é mal escrita e confusa para entender quais são os sintomas reais.
Ao usar o heartbeat para interromper / iniciar processos, é importante também passar e alterar os serviços padrão. O MySQL não deve iniciar na inicialização do servidor. O DRBD não deve estar no boot. Essas ações devem ser controladas por heartbeat e não por scripts de inicialização normais do /etc/rc?.d.
Para solucionar problemas adicionais, adicione alguns scripts para cima / para baixo na pulsação para registrar o que o sistema está fazendo ao alternar entre os estados mestre e de backup.