Você sabe quais blocos são ruins? Já existe um sistema de arquivos?
Se ainda não houver um sistema de arquivos e você não souber quais blocos são ruins:
mkfs -c # rest of normal options, like -t ext3 /dev/sda4
Se você tem um sistema de arquivos e não sabe quais blocos são ruins:
e2fsck -c /dev/sda4
Se você sabe quais blocos são ruins, você pode listá-los em um arquivo e executá-los - no entanto, essa opção é complicada, já que você deve se referir aos blocos corretamente:
e2fsck -l BADBLOCKSFILENAME /dev/sda4
mkfs -l BADBLOCKSFILENAME -t ext3 /dev/sda4
Geralmente é recomendado usar a opção -c, que procura por badblocks.
E se você quer dizer que um disco rígido totalmente não utilizado, você poderia evitar os setores defeituosos ao particionar com o fdisk (e usar o LVM para preservar a flexibilidade sobre o tamanho de seus vários sistemas de arquivos).