Embora a resposta fornecida seja válida em muitos casos, no meu cenário acabei caindo no espaço de raiz de 5% reservado do ext3. Eu poderia ter recuperado esse espaço se soubesse disso na época. Acabei usando uma unidade USB como um caminho de reparo para o mongodb recuperando 850GB.
Esta é a forma de recuperar que ext3 5% alguém deveria estar interessado: