Não há como fazer isso embutido no Exchange. Com a quantidade certa de bom senso, você poderia fazer isso com o Exchange Web Services. A propriedade TotalCount da operação GetFolder pode ser executada em cada pasta na caixa de entrada dos usuários e um total pode ser estabelecido.
Veja a referência para isso aqui:
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Existem várias razões para ter cuidado ao fazer isso. Você precisaria de uma conta com muito acesso. Você também gostaria de ver o desempenho que isso geraria testando uma caixa de correio ou duas de cada vez.