É possível que os programas desvinculem arquivos, mas ainda os mantenham abertos. Esse arquivo ainda consumirá espaço até que todos os programas parem de acessá-lo, fechando-o ou finalizando.
Este é um comportamento normal no Unix. É comum que os programas desliguem imediatamente os arquivos temporários dessa maneira, a fim de garantir que eles desapareçam eventualmente.
Use lsof -a +L1
para ver uma lista de arquivos nesse estado, junto com os processos responsáveis.