Se você é ABSOLUTAMENTE CERTO os arquivos .vmdk não estão sendo usados em nenhum outro lugar, você deve ser capaz de apagá-los com segurança.
Eu sugeriria arquivá-los (copiá-los para outro sistema) primeiro. Às vezes, mesmo quando você está "absolutamente certo", você está errado e as coisas quebram. É útil poder restaurar os arquivos em tais casos.