Sniff o tráfego LDAP durante uma tentativa de autenticação para ver o que está realmente fazendo. Essa é a melhor maneira de descobrir isso.
Eu vou sair em um membro e especular um pouco. Já que você fala sobre isso "importando" usuários, eu me pergunto se não está mantendo algum registro persistente do DN antigo do usuário e, quando você move o usuário, o novo DN não está sendo consultado durante o processo de autenticação.