Tente enviar killall -sigterm mysqld . O Mysql deve capturar o sinal e desligar normalmente sem precisar criar uma conexão com o servidor. Se você estiver executando múltiplas instâncias paralelas do mysqld e desejar apenas desligar uma, você terá que descobrir qual instância deseja matar, seja por netstat -lnp e escolha a porta de escuta associada, ou lsof -n e localize o caminho de armazenamento do banco de dados para a instância que você deseja interromper. Então, usando o pid descoberto, kill -sigterm <pid>