Uma opção é criar uma nova AMI. Isso é fácil hoje em dia, com uma série de ferramentas disponíveis como esta jóia ruby " build-ubuntu-ami ". Ao criar o novo ami, você pode incluir as novas configurações.
Outra opção é que você pode usar o chef / puppet / salt / ansible etc para atualizar todas as instâncias com sua ami atual.
Atualização: a melhor opção para criar imagens em todas as plataformas de nuvem é Packer .