Depois de algumas pesquisas, descobri que, para arquivos htaccess em pastas diferentes da raiz serem levados em conta pelo servidor, a diretiva 'AllowOverride' precisa ser definida como 'All' para esse site em / etc / apache2 / sites-available / (no meu caso, o site padrão)
Pode haver outras maneiras de alcançar o mesmo resultado, mas esse é o que eu encontrei.