SO: implementações do Ubuntu (Debian)
Opção do Servidor MySQL: open-files-limit
Parece que o Debian upstart não usa os parâmetros definidos em /etc/security/limits.conf , então quando você inicia o mysql através do service (e, portanto, sob upstart), ele substitui esses limites definidos e usa o padrão 1024.
A solução é modificar o arquivo mysql.conf que define o serviço upstart, ele está localizado em /etc/init/mysql.conf e adiciona as seguintes linhas antes do bloco pré-início :
# NB: Upstart scripts do not respect
# /etc/security/limits.conf, so the open-file limits
# settings need to be applied here.
limit nofile 32000 32000
limit nproc 32000 32000
Referências: