Você precisa verificar o que o daemon mysql está realmente trabalhando internamente. O Mysql tem uma lista de processos internos, tente executar o seguinte:
mysql -u root -p -e "SHOW FULL PROCESSLIST"
se você tiver sua senha em seu ~ / .my.cnf, você pode usar o watch para ficar de olho em sua lista de processos do mysql em um formato top falso:
watch -n 1 mysql -u root -e \"SHOW FULL PROCESSLIST\"
Se o mysql está constantemente fazendo 50%, então provavelmente está funcionando em algo, se você puder ver as consultas, então pode haver uma maneira de otimizá-lo.