Use a linha de comando install, imagino que você estará fazendo isso para o sql server configurá-lo sem que o usuário passe por ele.
servidor de linha de comando sql link
powershell link
você pode fazer isso no modo silencioso e incluir a execução do script no escudo de instalação (ou na maioria dos gerenciadores de pacotes de instalação)
Você está fazendo as instalações via script remove muitas dores de cabeça e se os scripts falharem, então faça com que eles instalem o log para encontrar o problema.