Este programa não funciona em segundo plano, mas o gerenciamento do Jupiter Power pode escalar sua CPU, o que deve esfriar quando está muito quente, espero que isso ajude, ele é executado como um miniaplicativo de painel.
sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/jupiter
sudo apt-get update
sudo apt-get install jupiter
se por acaso você tiver um EEEPC (duvido) sudo apt-get instale jupiter-support-eee