notificações são enviadas via DBUS e depois de instalar o notify-osd ele redireciona todas as notificações para si mesmo.
Isso não seria particularmente problemático se nem tantos pacotes dependessem diretamente do notificador-osd (ubuntu-desktop, blueman, guake, update-notifier, network-manager-gnome, rhythmbox para citar alguns), capacidade de escolher o sistema de notificação que eu gostaria.
Você pode remover o desvio com o seguinte comando:
sudo dpkg-divert --remove --rename --package notify-osd --divert /usr/share/dbus-1/services/org.freedesktop.Notifications.service.notify-osd /usr/share/dbus-1/services/org.freedesktop.Notifications.service
Mas (eu não testei isso) isso pode quebrar as atualizações do notify-osd (e, portanto, do seu sistema) de uma maneira ruim ou pode apenas reaparecer na próxima atualização do notify-osd.