Este é um bug conhecido ou um problema conhecido.
Este pode ser o erro: link
Ou, na verdade, o nome do arquivo pode ser muito longo; nesse caso, certifique-se de que seus nomes de arquivos (ou qualquer coisa entre duas barras) não tenham mais de 255 caracteres.
Além disso, certifique-se de revisar quaisquer regras mod_rewrite que você tenha, elas também podem causar esse comportamento.
Quando você tiver um argumento / nome de arquivo maior que 255 caracteres, o apache verificará isso nos limites do seu sistema de arquivos.
Mais informações sobre o tamanho máximo do nome do arquivo podem ser encontradas aqui: link
Não há muitos deles que permitem nomes de arquivo mais longos, então você terá que torná-los mais curtos, sem outra maneira de contorná-los.