Você fez uma varredura de vírus recente com um antivírus atualizado no servidor com problemas? O servidor está atualizado em suas atualizações do Windows?
Estou supondo, pelas suas tags, que seu domínio é um domínio de diretório ativo do Windows 2003. Eu também entendo que você tem uma floresta de domínio único com dois DCs.
Parece que esse servidor é o proprietário de todas as funções FSMO em seu domínio (cada uma das cinco funções FSMO só pode estar em um servidor por vez).
Para informações sobre funções de FSMO: link
Você pode determinar se o servidor com problemas contém as funções FSMO, como no prompt de comando:
dsquery server -hasfsmo rid
dsquery server -hasfsmo pdc
dsquery server -hasfsmo name
dsquery server -hasfsmo schema
dsquery server -hasfsmo infr
Se o seu servidor com problemas contiver todas as funções acima, eu transferiria as funções para o seu bom CD, conforme: link
Isso provavelmente resolverá os problemas que você recebe quando o servidor de problemas é excluído. Depois de transferir as funções, você pode colocar o DC do problema offline e fazer alguns diags nele ou, como último recurso, reconstruí-lo.