Se você é sério sobre o desempenho do seu banco de dados MySQL, sugiro strongmente fazer seus próprios benchmarks em um ambiente de teste. O desempenho do sistema de arquivos pode variar significativamente de uma versão do kernel para outra, e a escolha pode depender consideravelmente de sua carga de trabalho exata.
Para uma comparação simples, basta configurar um servidor de teste com a mesma versão do kernel do seu sistema de produção e usar o sysbench para comparar o xfs, ext3 e ext4.
Para ter uma visão melhor, você deve restaurar um backup recente do banco de dados no seu servidor de teste e criar alguns scripts que geram carga semelhante à sua carga de trabalho.
Além disso, toda vez que você planeja atualizar o kernel em sua máquina de produção, você deve executar novamente os benchmarks, para ver se há regressões. Como você não pode alternar facilmente os sistemas de arquivos nesse ponto (bem, isso depende da sua configuração), você deve pelo menos garantir que o desempenho não seja prejudicado após a atualização.
Editar:
BTW, você pode encontrar muitos bons conselhos no Blog de desempenho do MySQL .