Depende do seu pacote de servidores até certo ponto, mas além do aumento do tráfego que a máquina precisará controlar (todos os sites em vez de apenas um dos sites), o desempenho é bastante imperceptível para as primeiras centenas virtuais anfitriões. Adicionar um host virtual ao apache é um processo particularmente indolor, mais ainda quando você pega o jeito.