O bit de execução no sistema de arquivos não fará diferença para este problema. A execução acontece no aplicativo do leitor. O leitor está lidando com o conteúdo que foi carregado e, se esse conteúdo tiver javascript, ele será executado. Este é o mesmo cenário que abrir uma página HTML em um navegador. A página HTML não precisa executar o conjunto para executar o javascript.
Quanto ao evince, eu não sei ao certo ... mas acho que você está certo de que ele não trata o javascript embutido em PDFs.