Eu percebo que é tarde demais para fornecer uma resposta útil à sua pergunta, mas postarei isso de qualquer maneira, para futuros googlers encontrarem:
O SLI NÃO é compatível com a visão dupla. Ele diz isso na documentação do driver da nvidia. Existem duas opções alternativas:
1) Configure cada tela como um xscreen separado - a desvantagem é que você não poderá arrastar as janelas de uma tela para a outra. O painel de controle nvidia pode ser usado para configurar isso.
2) Use um utilitário para convencer o xserver que suas duas telas menores são, de fato, uma grande. Isso fará com que os aplicativos não sejam exibidos corretamente na tela inteira. Receio não saber a que esse utilitário é chamado.