Realizar um desligamento inseguro de qualquer sistema operacional é uma má idéia - pode facilmente causar perda de dados, incluindo corrupção do sistema de arquivos, a ponto de o sistema operacional não inicializar com êxito posteriormente.
É improvável que o Linux esteja realmente afetando o roteador. É mais provável que esteja colocando o adaptador de rede no PC em algum tipo de estado de baixa energia com o qual o Windows não saiba como ativá-lo. A primeira coisa a tentar é garantir que o Windows tenha o driver mais recente para a placa de rede em sua máquina.
Além disso, tente desligar completamente o PC (e desligando-o completamente, quero dizer, ligar o PSU ou o soquete da parede) entre desligar o Linux e iniciar o Windows, que deve reinicializar totalmente o adaptador de rede (a menos que lembra o estado na memória não volátil, de modo que a condição sobrevive a um ciclo de energia). Se isso tiver o efeito desejado, embora esteja longe do ideal, ele salvará você de desligamentos inseguros até encontrar a causa do problema.
Outra opção seria tentar outra placa de rede se você tiver uma de reserva à mão. Se o problema desaparecer com outro NIC que provará que o problema está na antiga placa de rede ou nos drivers para ela.