Quando não é causado por um conflito de versões entre o IIS e o IIS Management Tools, esses sintomas geralmente são causados por alguns danos nos arquivos de configuração em %WinDir%\System32\Inetsrv\Config . O que há em seu administration.config e applicationHost.config ? Referência de configuração do IIS :
ApplicationHost.config - This configuration file stores the settings for all your Web sites and applications.
Administration.config - This configuration file stores the settings for IIS management. These settings include the list of management modules that are installed for the IIS Manager tool, as well as configuration settings for management modules.
Redirection.config - IIS 7 and later support the management of several IIS servers from a single, centralized configuration file. This configuration file contains the settings that indicate the location where the centralized configuration files are stored.
A sua instalação do Windows Server 2016 é uma instalação totalmente nova ou é atualizada de uma versão anterior? É improvável que os arquivos de configuração sejam corrompidos após uma instalação limpa. É possível de alguma forma que existam versões antigas de alguma instalação anterior do IIS? A Data modificada desses arquivos de configuração corresponde à data de instalação?
Como sua instalação é nova, não deve haver nada que você precise recuperar. Depois de desinstalar o IIS, você pode verificar se esses arquivos ainda existem e remover manualmente todo o System32\Inetsrv\Config , se necessário. Em seguida, reinstalar o IIS deve recriar os arquivos com configurações padrão.