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Você pode instalar o Azure AD Connect em qualquer servidor que atenda aos requisitos, não precisa ser um DC. Ao configurar o AADC, você pode escolher quais unidades organizacionais sincronizar.
Sincronizar um AD com várias contas do Office 365 (chamadas de 'inquilinos') é mais complicado, mas suportado (com limitações). Veja a seção em este documento intitulado 'Cada objeto somente uma vez em um locatário do Azure AD '. Basicamente, você instala um servidor AADC para cada locatário e configura a filtragem de unidades organizacionais para sincronizar os objetos necessários do AD para cada locatário do Office 365.
In this topology, one Azure AD Connect sync server is connected to each Azure AD tenant. The Azure AD Connect sync servers must be configured for filtering so that each has a mutually exclusive set of objects to operate on. You can, for example, scope each server to a particular domain or organizational unit.1
A DNS domain can be registered in only a single Azure AD tenant. The UPNs of the users in the on-premises Active Directory instance must also use separate namespaces.