De acordo com sua descrição, o Ubuntu está acessando o disco rígido rapidamente. O led pisca toda vez que o sistema operacional acessa o disco rígido.
Não tenho certeza se esse é o caso, mas parece que você tem uma unidade muito lenta. Se for esse o caso, isso funcionará
Basta iniciar o Ubuntu e esperar alguns minutos até o LED parar de piscar. Então faça o que você quiser.
Seja paciente. Não tenho certeza se isso funcionará embora