Eu acho que você deve prosseguir com a atualização dos arquivos de configuração do repositório Yum para carregar a parte Packages
.
Mas, se você for inflexível em fazer isso, altere o diretório Packages
para um link simbólico.
mv -i /data/repos/rhel-6-server-rpms/Packages/* /data/repos/rhel-6-server-rpms
ln -s /data/repos/rhel-6-server-rpms/ /data/repos/rhel-6-server-rpms/Packages
Da próxima vez que você executar reposync
, ele manterá o link simbólico.